Tabelle Hinrunde » Rückrunde
# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 18 13 3 2 48:21 27 42
2 FC Levadia, Estland FC Levadia 18 12 4 2 58:11 47 40
3 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 18 12 3 3 52:16 36 39
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 18 11 2 5 55:26 29 35
5 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 18 6 4 8 26:45 -19 22
6 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 18 6 2 10 33:38 -5 20
7 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 18 6 2 10 19:37 -18 20
8 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 18 5 4 9 22:33 -11 19
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 18 5 3 10 23:46 -23 18
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 18 0 1 17 14:77 -63 1
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.