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| 21.10.2016 | 19:00 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:1 (1:0) | |
| 19:00 | SpVgg Bayreuth | - | SpVgg Unterhaching | 0:4 (0:2) | ||
| 19:30 | FC Memmingen | - | FV Illertissen | 1:2 (0:1) | ||
| 22.10.2016 | 13:00 | VfR Garching | - | SV Seligenporten | 3:1 (1:1) | |
| 14:00 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | FC Augsburg II | - | SV Schalding-Heining | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | TSV 1860 München II | - | TSV Buchbach | 3:1 (1:0) | ||
| 23.10.2016 | 14:00 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 (0:0) | |
| 14:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | Wacker Burghausen | 1:2 (0:2) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 16 | 14 | 2 | 0 | 50:9 | 41 | 44 |
| 2 |
|
VfR Garching | 16 | 9 | 2 | 5 | 33:27 | 6 | 29 |
| 3 |
|
FC Augsburg II | 16 | 7 | 7 | 2 | 36:17 | 19 | 28 |
| 4 |
|
Bayern München II | 16 | 7 | 7 | 2 | 23:16 | 7 | 28 |
| 5 |
|
1. FC Nürnberg II | 16 | 8 | 4 | 4 | 36:30 | 6 | 28 |
| 6 |
|
FV Illertissen | 16 | 7 | 2 | 7 | 23:27 | -4 | 23 |
| 7 |
|
FC Memmingen | 16 | 5 | 6 | 5 | 29:24 | 5 | 21 |
| 8 |
|
SpVgg Bayreuth | 16 | 6 | 3 | 7 | 31:31 | 0 | 21 |
| 9 |
|
Wacker Burghausen | 16 | 5 | 5 | 6 | 24:26 | -2 | 20 |
| 10 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 16 | 6 | 2 | 8 | 24:30 | -6 | 20 |
| 11 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 5 | 4 | 7 | 22:22 | 0 | 19 |
| 12 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 16 | 5 | 3 | 8 | 17:22 | -5 | 18 |
| 13 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 16 | 3 | 7 | 6 | 24:32 | -8 | 16 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 16 | 4 | 4 | 8 | 21:40 | -19 | 16 |
| 15 |
|
TSV Buchbach | 16 | 4 | 3 | 9 | 20:33 | -13 | 15 |
| 16 |
|
SV Schalding-Heining | 16 | 2 | 6 | 8 | 22:29 | -7 | 12 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 16 | 2 | 2 | 12 | 18:42 | -24 | 8 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 16 | 9 | 3 | 4 | 0:0 | -6 | -33 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
