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| 26.08.2016 | 18:00 | SpVgg Bayreuth | - | FC Augsburg II | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:0 (1:0) | ||
| 27.08.2016 | 13:00 | VfR Garching | - | FC Memmingen | 2:2 (1:2) | |
| 14:00 | SV Seligenporten | - | SpVgg Bayern Hof | 5:1 (2:0) | ||
| 14:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 5:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | FV Illertissen | 1:2 (0:2) | ||
| 28.08.2016 | 13:00 | TSV Buchbach | - | 1. FC Nürnberg II | 2:5 (1:4) | |
| 15:00 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 8 | 7 | 1 | 0 | 23:6 | 17 | 22 |
| 2 |
|
Bayern München II | 8 | 4 | 4 | 0 | 14:8 | 6 | 16 |
| 3 |
|
1. FC Nürnberg II | 8 | 4 | 2 | 2 | 19:13 | 6 | 14 |
| 4 |
|
FC Augsburg II | 8 | 3 | 4 | 1 | 22:9 | 13 | 13 |
| 5 |
|
FV Illertissen | 8 | 4 | 1 | 3 | 13:8 | 5 | 13 |
| 6 |
|
VfR Garching | 8 | 4 | 1 | 3 | 15:14 | 1 | 13 |
| 7 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 8 | 4 | 1 | 3 | 12:15 | -3 | 13 |
| 8 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 8 | 3 | 1 | 4 | 5:9 | -4 | 10 |
| 9 |
|
FC Memmingen | 8 | 2 | 3 | 3 | 14:11 | 3 | 9 |
| 10 |
|
SpVgg Bayreuth | 8 | 2 | 3 | 3 | 12:15 | -3 | 9 |
| 11 |
|
Wacker Burghausen | 8 | 2 | 3 | 3 | 10:14 | -4 | 9 |
| 12 |
|
SV Schalding-Heining | 8 | 1 | 5 | 2 | 11:11 | 0 | 8 |
| 13 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 8 | 2 | 2 | 4 | 10:10 | 0 | 8 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 8 | 1 | 4 | 3 | 11:15 | -4 | 7 |
| 15 |
|
TSV Buchbach | 8 | 2 | 1 | 5 | 11:16 | -5 | 7 |
| 16 |
|
SV Seligenporten | 8 | 2 | 0 | 6 | 9:29 | -20 | 6 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 8 | 1 | 0 | 7 | 11:23 | -12 | 3 |
| 18 |
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TSV 1860 München II | 8 | 5 | 2 | 1 | 0:0 | -6 | -46 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
