# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 32 21 7 4 68:27 41 70
2 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 32 19 7 6 65:40 25 64
3 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 32 15 9 8 47:34 13 54
4 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 32 13 13 6 52:40 12 52
5 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 32 15 7 10 46:38 8 52
6 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 32 13 7 12 49:41 8 46
7 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 32 12 9 11 50:51 -1 45
8 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 32 13 5 14 53:59 -6 44
9 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 32 11 9 12 47:45 2 42
10 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 32 11 8 13 38:46 -8 41
11 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 32 9 11 12 43:49 -6 38
12 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 32 8 13 11 44:52 -8 37
13 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 32 9 8 15 43:46 -3 35
14 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 32 10 5 17 40:49 -9 35
15 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 32 9 5 18 45:70 -25 32
16 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 32 8 7 17 33:57 -24 31
17 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 32 7 9 16 43:66 -23 30
18 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 32 11 9 12 51:47 4 -3
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.