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| 21.11.2008 | 19:00 | SV Babelsberg 03 | - | Hertha BSC II | 3:1 (1:0) | |
| 19:00 | Hannover 96 II | - | VFC Plauen | 3:2 (1:0) | ||
| 22.11.2008 | 13:30 | Hallescher FC | - | Hamburger SV II | 2:1 (1:1) | |
| 14:00 | Energie Cottbus II | - | Hansa Rostock II | 1:8 (0:4) | ||
| 14:00 | Holstein Kiel | - | VfL Wolfsburg II | 1:0 (1:0) | ||
| 25.11.2008 | 19:00 | Chemnitzer FC | - | Sachsen Leipzig | 2:1 (1:0) | |
| 26.11.2008 | 14:00 | FC Oberneuland | - | VfB Lübeck | 1:1 (0:1) | |
| 03.12.2008 | 14:00 | Altona 93 | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 (0:0) | |
| 10.12.2008 | 19:00 | Türkiyemspor Berlin | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 (2:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Holstein Kiel | 14 | 9 | 3 | 2 | 22:12 | 10 | 30 |
| 2 |
|
Hallescher FC | 14 | 8 | 6 | 0 | 17:8 | 9 | 30 |
| 3 |
|
SV Babelsberg 03 | 14 | 8 | 5 | 1 | 17:7 | 10 | 29 |
| 4 |
|
1. FC Magdeburg | 14 | 8 | 3 | 3 | 19:10 | 9 | 27 |
| 5 |
|
SV Wilhelmshaven | 14 | 6 | 5 | 3 | 23:17 | 6 | 23 |
| 6 |
|
VfL Wolfsburg II | 14 | 6 | 3 | 5 | 20:13 | 7 | 21 |
| 7 |
|
FC Oberneuland | 14 | 6 | 3 | 5 | 16:15 | 1 | 21 |
| 8 |
|
Hannover 96 II | 14 | 6 | 2 | 6 | 22:19 | 3 | 20 |
| 9 |
|
VFC Plauen | 14 | 5 | 5 | 4 | 22:20 | 2 | 20 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 14 | 5 | 4 | 5 | 23:17 | 6 | 19 |
| 11 |
|
Altona 93 | 14 | 5 | 3 | 6 | 21:24 | -3 | 18 |
| 12 |
|
Hansa Rostock II | 14 | 5 | 2 | 7 | 25:25 | 0 | 17 |
| 13 |
|
Hamburger SV II | 14 | 4 | 4 | 6 | 16:16 | 0 | 16 |
| 14 |
|
VfB Lübeck | 14 | 3 | 6 | 5 | 16:16 | 0 | 15 |
| 15 |
|
Türkiyemspor Berlin | 14 | 4 | 2 | 8 | 13:22 | -9 | 14 |
| 16 |
|
Hertha BSC II | 14 | 3 | 2 | 9 | 13:30 | -17 | 11 |
| 17 |
|
Sachsen Leipzig | 14 | 2 | 4 | 8 | 7:20 | -13 | 10 |
| 18 |
|
Energie Cottbus II | 14 | 1 | 2 | 11 | 9:30 | -21 | 5 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
