# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 21 14 5 2 37:16 21 47
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 21 12 9 0 24:8 16 45
3 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 21 12 5 4 31:16 15 41
4 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 21 10 10 1 26:10 16 40
5 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 21 9 3 9 30:26 4 30
6 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 21 9 3 9 35:33 2 30
7 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 21 8 6 7 27:27 0 30
8 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 21 8 5 8 30:21 9 29
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 21 7 7 7 31:24 7 28
10 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 21 7 6 8 22:21 1 27
11 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 21 5 10 6 20:20 0 25
12 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 21 6 6 9 26:33 -7 24
13 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 21 7 3 11 21:31 -10 24
14 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 21 6 6 9 20:33 -13 24
15 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 21 6 5 10 25:26 -1 23
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 21 6 5 10 25:38 -13 23
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 21 3 7 11 10:31 -21 16
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 21 1 5 15 13:39 -26 8
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.