# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 26 17 7 2 43:18 25 58
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 26 15 11 0 32:11 21 56
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 26 14 10 2 33:14 19 52
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 26 14 6 6 37:24 13 48
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 26 11 6 9 40:25 15 39
6 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 26 10 6 10 41:40 1 36
7 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 26 10 6 10 28:37 -9 36
8 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 26 10 5 11 34:31 3 35
9 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 26 9 7 10 34:40 -6 34
10 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 26 8 8 10 36:32 4 32
11 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 26 8 7 11 25:28 -3 31
12 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 26 8 6 12 32:30 2 30
13 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 26 7 9 10 38:43 -5 30
14 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 26 5 14 7 27:28 -1 29
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 26 7 5 14 23:36 -13 26
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 26 6 5 15 30:50 -20 23
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 26 4 9 13 16:39 -23 21
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 26 4 7 15 17:40 -23 19
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.