# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 3 2 1 0 6:1 5 7
2 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 3 2 1 0 4:1 3 7
3 Altona 93, Deutschland Altona 93 3 2 0 1 7:5 2 6
4 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 3 2 0 1 4:4 0 6
5 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 3 2 0 1 3:3 0 6
6 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 3 1 2 0 4:2 2 5
7 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 3 1 2 0 4:3 1 5
8 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 3 1 2 0 2:1 1 5
9 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 3 1 1 1 3:3 0 4
10 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 3 1 1 1 4:5 -1 4
  Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 3 1 1 1 4:5 -1 4
12 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 3 0 3 0 4:4 0 3
13 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 3 1 0 2 2:3 -1 3
14 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 3 1 0 2 2:4 -2 3
15 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 3 0 2 1 2:3 -1 2
16 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 3 0 1 2 5:7 -2 1
17 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 3 0 1 2 2:5 -3 1
18 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 3 0 0 3 1:4 -3 0
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.