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| 13.05.2009 | 18:30 | Hallescher FC | - | Hansa Rostock II | 2:1 (2:1) | |
| 18:30 | SV Babelsberg 03 | - | Hamburger SV II | 6:1 (3:0) | ||
| 18:30 | Altona 93 | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 (0:0) | ||
| 18:30 | Türkiyemspor Berlin | - | VfB Lübeck | 3:0 (0:0) | ||
| 18:30 | FC Oberneuland | - | Sachsen Leipzig | 2:0 (1:0) | ||
| 18:30 | Chemnitzer FC | - | VFC Plauen | 3:0 (0:0) | ||
| 18:30 | Holstein Kiel | - | Hertha BSC II | 1:1 (0:0) | ||
| 18:50 | Hannover 96 II | - | VfL Wolfsburg II | 1:2 (1:0) | ||
| 16.05.2009 | 13:30 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Holstein Kiel | 30 | 19 | 8 | 3 | 49:21 | 28 | 65 |
| 2 |
|
Hallescher FC | 30 | 18 | 11 | 1 | 38:16 | 22 | 65 |
| 3 |
|
SV Babelsberg 03 | 30 | 16 | 10 | 4 | 42:19 | 23 | 58 |
| 4 |
|
1. FC Magdeburg | 30 | 16 | 6 | 8 | 42:29 | 13 | 54 |
| 5 |
|
VfL Wolfsburg II | 30 | 15 | 6 | 9 | 51:30 | 21 | 51 |
| 6 |
|
Hannover 96 II | 30 | 12 | 6 | 12 | 41:34 | 7 | 42 |
| 7 |
|
Hertha BSC II | 30 | 11 | 8 | 11 | 35:46 | -11 | 41 |
| 8 |
|
SV Wilhelmshaven | 30 | 11 | 7 | 12 | 40:45 | -5 | 40 |
| 9 |
|
Hansa Rostock II | 30 | 11 | 6 | 13 | 48:51 | -3 | 39 |
| 10 |
|
VfB Lübeck | 30 | 8 | 14 | 8 | 32:32 | 0 | 38 |
| 11 |
|
Chemnitzer FC | 30 | 9 | 10 | 11 | 45:40 | 5 | 37 |
| 12 |
|
FC Oberneuland | 30 | 10 | 7 | 13 | 32:34 | -2 | 37 |
| 13 |
|
VFC Plauen | 30 | 8 | 10 | 12 | 44:50 | -6 | 34 |
| 14 |
|
Türkiyemspor Berlin | 30 | 9 | 6 | 15 | 31:41 | -10 | 33 |
| 15 |
|
Hamburger SV II | 30 | 8 | 8 | 14 | 36:41 | -5 | 32 |
| 16 |
|
Altona 93 | 30 | 8 | 5 | 17 | 35:57 | -22 | 29 |
| 17 |
|
Sachsen Leipzig | 30 | 5 | 9 | 16 | 20:46 | -26 | 24 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 30 | 4 | 7 | 19 | 19:48 | -29 | 19 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
