# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 31 19 9 3 50:22 28 66
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 31 18 12 1 39:17 22 66
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 31 16 11 4 44:21 23 59
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 31 17 6 8 46:30 16 57
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 31 15 7 9 52:31 21 52
6 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 31 12 7 12 44:37 7 43
7 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 31 12 7 12 42:46 -4 43
8 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 31 11 9 11 37:48 -11 42
9 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 31 9 14 8 34:32 2 41
10 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 31 10 10 11 47:40 7 40
11 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 31 11 6 14 48:53 -5 39
12 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 31 10 7 14 32:36 -4 37
13 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 31 8 11 12 47:53 -6 35
14 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 31 8 9 14 37:42 -5 33
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 31 9 6 16 32:43 -11 33
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 31 8 5 18 36:61 -25 29
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 31 5 9 17 20:48 -28 24
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 31 5 7 19 21:48 -27 22
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.