# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 32 19 10 3 50:22 28 67
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 32 18 13 1 41:19 22 67
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 32 16 12 4 44:21 23 60
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 32 17 6 9 46:32 14 57
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 32 15 8 9 52:31 21 53
6 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 32 13 7 12 46:38 8 46
7 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 32 12 7 13 44:49 -5 43
8 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 32 11 10 11 39:50 -11 43
9 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 32 9 15 8 35:33 2 42
10 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 32 10 11 11 48:41 7 41
11 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 32 11 7 14 35:38 -3 40
12 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 32 11 6 15 48:56 -8 39
13 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 32 9 9 14 40:42 -2 36
14 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 32 8 12 12 47:53 -6 36
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 32 10 6 16 34:43 -9 36
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 32 8 6 18 38:63 -25 30
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 32 5 9 18 21:50 -29 24
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 32 5 8 19 23:50 -27 23
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.