# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 34 21 10 3 54:22 32 73
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 34 19 13 2 43:20 23 70
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 34 17 12 5 46:25 21 63
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 34 17 8 9 50:36 14 59
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 34 15 8 11 53:35 18 53
6 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 34 14 7 13 48:42 6 49
7 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 34 11 12 11 50:42 8 45
8 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 34 10 15 9 38:34 4 45
9 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 34 12 8 14 40:41 -1 44
10 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 34 12 7 15 53:59 -6 43
11 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 34 12 7 15 45:52 -7 43
12 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 34 11 10 13 40:55 -15 43
13 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 34 11 9 14 44:43 1 42
14 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 34 10 12 12 52:54 -2 42
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 34 12 6 16 36:43 -7 42
16 Altona 93, Deutschland Altona 93 34 8 7 19 40:66 -26 31
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 34 5 9 20 21:54 -33 24
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 34 5 8 21 23:53 -30 23
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.