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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Holstein Kiel | 17 | 13 | 3 | 1 | 33:10 | 23 | 42 |
| 2 |
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Hallescher FC | 17 | 12 | 5 | 0 | 25:7 | 18 | 41 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 17 | 9 | 3 | 5 | 28:17 | 11 | 30 |
| 4 |
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VfL Wolfsburg II | 17 | 7 | 5 | 5 | 24:16 | 8 | 26 |
| 5 |
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SV Babelsberg 03 | 17 | 6 | 8 | 3 | 18:16 | 2 | 26 |
| 6 |
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1. FC Magdeburg | 17 | 7 | 4 | 6 | 20:20 | 0 | 25 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 17 | 7 | 3 | 7 | 29:23 | 6 | 24 |
| 8 |
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Hamburger SV II | 17 | 6 | 2 | 9 | 23:25 | -2 | 20 |
| 9 |
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Türkiyemspor Berlin | 17 | 5 | 3 | 9 | 17:24 | -7 | 18 |
| 10 |
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VFC Plauen | 17 | 3 | 8 | 6 | 16:21 | -5 | 17 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 17 | 4 | 5 | 8 | 15:21 | -6 | 17 |
| 12 |
|
SV Wilhelmshaven | 17 | 4 | 3 | 10 | 24:33 | -9 | 15 |
| 13 |
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Hertha BSC II | 17 | 3 | 6 | 8 | 19:33 | -14 | 15 |
| 14 |
|
Hansa Rostock II | 17 | 3 | 4 | 10 | 22:31 | -9 | 13 |
| 15 |
|
VfB Lübeck | 17 | 1 | 10 | 6 | 11:20 | -9 | 13 |
| 16 |
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Energie Cottbus II | 17 | 3 | 4 | 10 | 15:27 | -12 | 13 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 17 | 2 | 5 | 10 | 11:24 | -13 | 11 |
| 18 |
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Altona 93 | 17 | 2 | 3 | 12 | 19:39 | -20 | 9 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
