# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 5 4 1 0 7:1 6 13
2 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 5 4 0 1 10:4 6 12
3 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 5 3 2 0 6:3 3 11
4 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 5 3 1 1 6:4 2 10
5 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 5 2 3 0 7:4 3 9
6 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 5 2 2 1 8:4 4 8
7 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 5 2 2 1 7:3 4 8
8 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 5 2 2 1 7:7 0 8
9 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 5 2 0 3 4:5 -1 6
10 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 5 2 0 3 5:7 -2 6
11 Altona 93, Deutschland Altona 93 5 2 0 3 8:13 -5 6
12 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 5 2 0 3 4:10 -6 6
13 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 5 1 2 2 3:4 -1 5
14 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 5 1 1 3 9:8 1 4
15 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 5 1 1 3 6:5 1 4
16 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 5 1 1 3 5:8 -3 4
17 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 5 1 1 3 5:12 -7 4
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 5 0 1 4 3:8 -5 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.