# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 9 7 2 0 13:3 10 23
2 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 9 7 0 2 17:9 8 21
3 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 9 4 5 0 10:6 4 17
4 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 9 4 4 1 14:11 3 16
5 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 9 5 1 3 9:6 3 16
6 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 9 4 3 2 14:8 6 15
7 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 9 3 5 1 16:10 6 14
8 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 9 4 2 3 13:9 4 14
9 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 9 4 2 3 9:8 1 14
10 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 9 4 1 4 15:18 -3 13
11 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 9 3 2 4 12:13 -1 11
12 Altona 93, Deutschland Altona 93 9 3 1 5 15:19 -4 10
13 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 9 3 1 5 8:18 -10 10
14 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 9 2 3 4 12:12 0 9
15 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 9 1 4 4 3:9 -6 7
16 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 9 1 3 5 13:14 -1 6
17 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 9 1 2 6 7:15 -8 5
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 9 0 1 8 5:17 -12 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.