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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Holstein Kiel | 17 | 10 | 6 | 1 | 26:8 | 18 | 36 |
| 2 |
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Hallescher FC | 17 | 10 | 5 | 2 | 25:12 | 13 | 35 |
| 3 |
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SV Babelsberg 03 | 17 | 8 | 5 | 4 | 27:18 | 9 | 29 |
| 4 |
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VfL Wolfsburg II | 17 | 8 | 4 | 5 | 31:20 | 11 | 28 |
| 5 |
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Hertha BSC II | 17 | 7 | 6 | 4 | 24:24 | 0 | 27 |
| 6 |
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VfB Lübeck | 17 | 6 | 8 | 3 | 20:15 | 5 | 26 |
| 7 |
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Hamburger SV II | 17 | 7 | 4 | 6 | 27:21 | 6 | 25 |
| 8 |
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Chemnitzer FC | 17 | 6 | 7 | 4 | 25:19 | 6 | 25 |
| 9 |
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Hannover 96 II | 17 | 7 | 4 | 6 | 25:21 | 4 | 25 |
| 10 |
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1. FC Magdeburg | 17 | 6 | 5 | 6 | 23:24 | -1 | 23 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 17 | 6 | 4 | 7 | 23:23 | 0 | 22 |
| 12 |
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Türkiyemspor Berlin | 17 | 6 | 4 | 7 | 19:19 | 0 | 22 |
| 13 |
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VFC Plauen | 17 | 5 | 6 | 6 | 30:31 | -1 | 21 |
| 14 |
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Hansa Rostock II | 17 | 5 | 5 | 7 | 23:31 | -8 | 20 |
| 15 |
|
Energie Cottbus II | 17 | 4 | 4 | 9 | 13:21 | -8 | 16 |
| 16 |
|
SV Wilhelmshaven | 17 | 4 | 1 | 12 | 18:34 | -16 | 13 |
| 17 |
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Altona 93 | 17 | 3 | 3 | 11 | 17:36 | -19 | 12 |
| 18 |
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Sachsen Leipzig | 17 | 3 | 3 | 11 | 13:32 | -19 | 12 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
