# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 33 22 6 5 61:34 27 72
2 Hessen Kassel, Deutschland Hessen Kassel 33 21 5 7 72:32 40 68
3 Eintracht Frankfurt II, Deutschland Eintracht Frankfurt II 33 18 9 6 58:34 24 63
4 Waldhof Mannheim, Deutschland Waldhof Mannheim 33 19 5 9 54:30 24 62
5 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 33 16 10 7 62:37 25 58
6 SSV Ulm 1846, Deutschland SSV Ulm 1846 33 13 14 6 54:32 22 53
7 TSV 1860 München II, Deutschland TSV 1860 München II 33 15 7 11 55:42 13 52
8 SC Pfullendorf, Deutschland SC Pfullendorf 33 14 8 11 50:47 3 50
9 SV Wehen Wiesbaden II, Deutschland SV Wehen Wiesbaden II 33 15 4 14 40:35 5 49
10 1. FC Eintracht Bamberg, Deutschland 1. FC Eintracht Bamberg 33 12 7 14 50:61 -11 43
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 33 10 11 12 37:35 2 41
12 SC Freiburg II, Deutschland SC Freiburg II 33 11 5 17 45:60 -15 38
13 SSV Reutlingen, Deutschland SSV Reutlingen 33 9 10 14 40:55 -15 37
14 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 33 8 12 13 36:46 -10 36
15 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 33 8 10 15 38:51 -13 34
16 Karlsruher SC II, Deutschland Karlsruher SC II 33 9 4 20 34:65 -31 31
17 TSV Großbardorf, Deutschland TSV Großbardorf 33 4 6 23 31:81 -50 18
18 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 33 4 5 24 32:72 -40 17
  Aufstieg
  Abstieg

# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet.

# Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest.