# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 34 22 6 6 61:37 24 72
2 Hessen Kassel, Deutschland Hessen Kassel 34 22 5 7 75:33 42 71
3 Eintracht Frankfurt II, Deutschland Eintracht Frankfurt II 34 19 9 6 61:35 26 66
4 Waldhof Mannheim, Deutschland Waldhof Mannheim 34 19 6 9 54:30 24 63
5 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 34 17 10 7 65:37 28 61
6 TSV 1860 München II, Deutschland TSV 1860 München II 34 16 7 11 59:42 17 55
7 SSV Ulm 1846, Deutschland SSV Ulm 1846 34 13 14 7 55:35 20 53
8 SC Pfullendorf, Deutschland SC Pfullendorf 34 14 8 12 50:48 2 50
9 SV Wehen Wiesbaden II, Deutschland SV Wehen Wiesbaden II 34 15 4 15 40:37 3 49
10 1. FC Eintracht Bamberg, Deutschland 1. FC Eintracht Bamberg 34 12 8 14 50:61 -11 44
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 34 10 11 13 37:39 -2 41
12 SSV Reutlingen, Deutschland SSV Reutlingen 34 10 10 14 41:55 -14 40
13 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 34 9 12 13 38:46 -8 39
14 SC Freiburg II, Deutschland SC Freiburg II 34 11 5 18 46:63 -17 38
15 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 34 9 10 15 44:54 -10 37
16 Karlsruher SC II, Deutschland Karlsruher SC II 34 10 4 20 37:66 -29 34
17 TSV Großbardorf, Deutschland TSV Großbardorf 34 4 6 24 32:84 -52 18
18 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 34 4 5 25 35:78 -43 17
  Aufstieg
  Abstieg

# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet.

# Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest.