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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 17 | 11 | 3 | 3 | 27:17 | 10 | 36 |
| 2 |
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1. FC Nürnberg II | 17 | 9 | 5 | 3 | 28:15 | 13 | 32 |
| 3 |
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Eintracht Frankfurt II | 17 | 9 | 4 | 4 | 31:20 | 11 | 31 |
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Hessen Kassel | 17 | 9 | 4 | 4 | 31:20 | 11 | 31 | |
| 5 |
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Waldhof Mannheim | 17 | 9 | 2 | 6 | 28:16 | 12 | 29 |
| 6 |
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TSV 1860 München II | 17 | 9 | 2 | 6 | 33:23 | 10 | 29 |
| 7 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 17 | 8 | 1 | 8 | 21:20 | 1 | 25 |
| 8 |
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SSV Ulm 1846 | 17 | 3 | 9 | 5 | 19:22 | -3 | 18 |
| 9 |
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SSV Reutlingen | 17 | 4 | 6 | 7 | 18:32 | -14 | 18 |
| 10 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 17 | 3 | 8 | 6 | 16:19 | -3 | 17 |
| 11 |
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Viktoria Aschaffenburg | 17 | 4 | 5 | 8 | 20:26 | -6 | 17 |
| 12 |
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SV Darmstadt 98 | 17 | 5 | 2 | 10 | 18:25 | -7 | 17 |
| 13 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 17 | 4 | 5 | 8 | 28:40 | -12 | 17 |
| 14 |
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SC Pfullendorf | 17 | 4 | 4 | 9 | 18:30 | -12 | 16 |
| 15 |
|
Karlsruher SC II | 17 | 5 | 1 | 11 | 20:34 | -14 | 16 |
| 16 |
|
SC Freiburg II | 17 | 4 | 3 | 10 | 18:35 | -17 | 15 |
| 17 |
|
SpVgg Unterhaching II | 17 | 3 | 2 | 12 | 23:43 | -20 | 11 |
| 18 |
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TSV Großbardorf | 17 | 1 | 4 | 12 | 10:36 | -26 | 7 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
