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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Frankfurt II | 17 | 11 | 5 | 1 | 31:10 | 21 | 38 |
| 2 |
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Hessen Kassel | 17 | 10 | 3 | 4 | 34:17 | 17 | 33 |
| 3 |
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Waldhof Mannheim | 17 | 10 | 1 | 6 | 29:20 | 9 | 31 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 17 | 9 | 4 | 4 | 29:22 | 7 | 31 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 17 | 9 | 2 | 6 | 22:14 | 8 | 29 |
| 6 |
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1. FC Nürnberg II | 17 | 8 | 4 | 5 | 33:19 | 14 | 28 |
| 7 |
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SSV Ulm 1846 | 17 | 6 | 9 | 2 | 24:16 | 8 | 27 |
| 8 |
|
TSV 1860 München II | 17 | 7 | 5 | 5 | 24:20 | 4 | 26 |
| 9 |
|
SC Pfullendorf | 17 | 7 | 4 | 6 | 23:24 | -1 | 25 |
| 10 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 17 | 6 | 5 | 6 | 20:16 | 4 | 23 |
| 11 |
|
Karlsruher SC II | 17 | 6 | 4 | 7 | 21:26 | -5 | 22 |
| 12 |
|
SV Darmstadt 98 | 17 | 5 | 6 | 6 | 24:23 | 1 | 21 |
| 13 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 17 | 5 | 5 | 7 | 31:37 | -6 | 20 |
| 14 |
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Viktoria Aschaffenburg | 17 | 3 | 8 | 6 | 15:20 | -5 | 17 |
| 15 |
|
SSV Reutlingen | 17 | 4 | 5 | 8 | 17:29 | -12 | 17 |
| 16 |
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TSV Großbardorf | 17 | 3 | 5 | 9 | 22:38 | -16 | 14 |
| 17 |
|
SC Freiburg II | 17 | 2 | 4 | 11 | 14:35 | -21 | 10 |
| 18 |
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SpVgg Unterhaching II | 17 | 1 | 3 | 13 | 16:43 | -27 | 6 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
