# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 36 24 6 6 76:40 36 78
2 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 36 21 8 7 62:37 25 64
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 36 19 5 12 61:43 18 62
4 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 36 15 6 15 59:65 -6 51
5 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 36 13 8 15 59:59 0 47
6 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 36 13 8 15 42:51 -9 47
7 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 36 11 11 14 52:50 2 44
8 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 36 9 12 15 39:58 -19 39
9 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 36 10 7 19 41:52 -11 37
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 36 5 9 22 32:68 -36 24
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.