| 1. MFL | 23.08.15 | Metalurg Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | ||||
| 1. MFL | 06.12.15 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 21.02.16 | KF Shkëndija 79 | - | FK Turnovo | 2:0 | ||||
| 1. MFL | 06.04.16 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 20.04.16 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 3:1 |  |
|||
| 1. MFL | 14.08.16 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:0 | |
|||
| 1. MFL | 24.09.16 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | |
|||
| 1. MFL | 23.10.16 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 0:2 | |
|||
| 1. MFL | 26.02.17 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 05.04.17 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 1. MFL | 23.04.17 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | |
|||
| 1. MFL | 26.04.17 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 03.05.17 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| Kup | 17.05.17 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:4 i.E. |
Nordmazedonien
Albanien