| 1. Spieltag | 08.09.2016 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 12.09.2016 | FK Kukësi | - | KF Teuta Durrës | 3:0 |  |
|||
| 3. Spieltag | 17.09.2016 | KF Tiranë | - | FK Kukësi | 2:2 |  |
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| 4. Spieltag | 24.09.2016 | KF Laçi | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 01.10.2016 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 12.10.2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 16.10.2016 | FK Kukësi | - | KS Korabi Peshkopi | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2016 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 29.10.2016 | FK Kukësi | - | Luftëtari Gjirokastër | 1:0 | |
|||
| 11. Spieltag | 21.11.2016 | KF Teuta Durrës | - | FK Kukësi | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 30.11.2016 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| 14. Spieltag | 06.12.2016 | FK Partizani | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 10.12.2016 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 18.12.2016 | FK Kukësi | - | KF Skënderbeu | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 22.12.2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Kukësi | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2017 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 4:1 | ||||
| 34. Spieltag | 15.05.2017 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:3 |
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