| 18. Spieltag | 10.01.2025 | Malut United FC | - | Madura United | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 24.01.2025 | Persita Tangerang | - | Madura United | 1:1 |  |
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| 21. Spieltag | 01.02.2025 | Madura United | - | Persis Solo (LI) | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 08.02.2025 | Madura United | - | PSBS Biak | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 15.02.2025 | Madura United | - | Dewa United FC | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 22.02.2025 | Persib Bandung | - | Madura United | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 02.03.2025 | Madura United | - | PSM Makassar | 1:3 | ||||
| 27. Spieltag | 06.04.2025 | Madura United | - | Persija Jakarta | 1:0 | |
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| 29. Spieltag | 20.04.2025 | Persebaya Surabaya | - | Madura United | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 24.04.2025 | Arema Cronus FC | - | Madura United | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 28.04.2025 | Madura United | - | Persik Kediri | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 04.05.2025 | Semen Padang | - | Madura United | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 10.05.2025 | Madura United | - | Borneo FC | 2:3 | |
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| 34. Spieltag | 24.05.2025 | Madura United | - | PSS Sleman | 0:3 |
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