| 2. Spieltag | 06.03.2012 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 |  |
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| 3. Spieltag | 11.03.2012 | Cienciano | - | León de Huánuco | 2:3 | |
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| 4. Spieltag | 18.03.2012 | Real Garcilaso | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 01.04.2012 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 08.04.2012 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 22.04.2012 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 29.04.2012 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 27.05.2012 | Cobresol FBC | - | Cienciano | 0:2 | |
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| 16. Spieltag | 16.06.2012 | Sport Boys | - | Cienciano | 1:1 | |
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| 17. Spieltag | 23.06.2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Spieltag | 27.06.2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 | |
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| 19. Spieltag | 01.07.2012 | Cienciano | - | Real Garcilaso | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 08.07.2012 | Cienciano | - | Universidad Cesar Vallejo | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 15.07.2012 | Cienciano | - | FBC Melgar | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.07.2012 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 22.07.2012 | Cienciano | - | Alianza Lima | 3:2 | |
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| 30. Spieltag | 12.08.2012 | Cienciano | - | Cobresol FBC | 4:0 |
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