| 2. Spieltag | 10.07.2016 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 18.07.2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 |  |
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| 5. Spieltag | 24.07.2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 31.07.2016 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 | |
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| 9. Spieltag | 21.08.2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:1 |  |
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| 10. Spieltag | 29.08.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 11.09.2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | |
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