| 1. Runde | 11.08.2016 | Independiente Medellín | - | Universidad Catolica | 1:1 | ||||
| 1. Runde | 17.08.2016 | Universidad Catolica | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 2. Runde | 25.08.2016 | Independiente Medellín | - | Sportivo Luqueño | 3:0 |  |
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| 2. Runde | 16.09.2016 | Sportivo Luqueño | - | Independiente Medellín | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 22.09.2016 | Independiente Medellín | - | Santa Cruz - PE | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 29.09.2016 | Santa Cruz - PE | - | Independiente Medellín | 3:1 | ||||
| Viertelfinale | 19.10.2016 | Independiente Medellín | - | Cerro Porteño | 0:0 | ||||
| Viertelfinale | 26.10.2016 | Cerro Porteño | - | Independiente Medellín | 2:0 |  |
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