| Gruppe 5 | 09.03.2000 | Atlético Junior | - | Universitario de Deportes | 1:0 |  |
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| Gruppe 5 | 15.03.2000 | Atlético Junior | - | Cerro Porteño | 2:0 | ||||
| Gruppe 5 | 06.04.2000 | Universitario de Deportes | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| Achtelfinale | 03.05.2000 | Atlas Guadalajara | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 10.05.2000 | Atlético Junior | - | Atlas Guadalajara | 1:3 |
Kolumbien