| 15. Spieltag | 02.03.2025 | Team AFF-FFV Fribourg [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 08.03.2025 | FC Rapperswil-Jona [U16] | - | Team Liechtenstein [U16] | 6:0 | ||||
| 18. Spieltag | 22.03.2025 | Team Vaud La Côte [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 3:2 | ||||
| 19. Spieltag | 29.03.2025 | FC Rapperswil-Jona [U16] | - | Team BEJUNE FA [U16] | 3:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.04.2025 | Team Basel Concordia [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 2:1 |  |
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| 22. Spieltag | 26.04.2025 | SC Kriens [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 03.05.2025 | FC Rapperswil-Jona [U16] | - | FC Schaffhausen [U16] | 5:0 | ||||
| 24. Spieltag | 10.05.2025 | Team Südostschweiz [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 17.05.2025 | FC Rapperswil-Jona [U16] | - | FCO Wil [U16] | 6:2 | ||||
| 26. Spieltag | 25.05.2025 | Etoile Carouge FC [U16] | - | FC Rapperswil-Jona [U16] | 1:6 | |
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