| 1. Spieltag | 28.07.2008 | FC Thun | - | FC Wil 1900 | 2:1 |  |
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| 2. Spieltag | 02.08.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Thun | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 10.08.2008 | FC Thun | - | FC Lugano | 4:4 | ||||
| 4. Spieltag | 15.08.2008 | FC Winterthur | - | FC Thun | 1:3 | |
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| 5. Spieltag | 23.08.2008 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 0:3 | ||||
| 6. Spieltag | 29.08.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Thun | 1:3 | |
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| 7. Spieltag | 14.09.2008 | FC Thun | - | FC St. Gallen | 4:2 | ||||
| 8. Spieltag | 27.09.2008 | FC Wohlen | - | FC Thun | 2:2 | |
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| 10. Spieltag | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 | |
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| 11. Spieltag | 03.11.2008 | FC Thun | - | Yverdon Sport FC | 2:4 | |
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| 12. Spieltag | 09.11.2008 | FC Biel/Bienne | - | FC Thun | 3:2 | |
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| 13. Spieltag | 15.11.2008 | FC Thun | - | FC Locarno | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 29.11.2008 | Servette FC | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 15. Spieltag | 05.12.2008 | FC Thun | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:4 |
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