| 3. Spieltag | 10.08.2008 | Servette FC | - | FC Schaffhausen | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 23.08.2008 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 0:3 | ||||
| 6. Spieltag | 30.08.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Wil 1900 | 1:3 |  |
|||
| 7. Spieltag | 13.09.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Schaffhausen | 3:3 | ||||
| 8. Spieltag | 29.09.2008 | FC Schaffhausen | - | FC St. Gallen | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 04.10.2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Schaffhausen | 3:0 | ||||
| 12. Spieltag | 09.11.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Winterthur | 3:0 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Wohlen | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 29.11.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 08.12.2008 | FC Schaffhausen | - | FC Concordia Basel | 2:4 | |
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| 19. Spieltag | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 06.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lausanne-Sport | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 09.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 24.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 28.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Schaffhausen | 3:0 |
Schweiz