| 2. Spieltag | 20.07.2013 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 27.07.2013 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 |  |
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| 4. Spieltag | 03.08.2013 | FK Tom Tomsk | - | FK Ural | 1:2 | |
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| 5. Spieltag | 18.08.2013 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
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| 9. Spieltag | 22.09.2013 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | |
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| 12. Spieltag | 06.10.2013 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:3 | |
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| 19. Spieltag | 08.12.2013 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
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