| 1. Spieltag | 20.08.2016 | Floriana FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 |  |
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| 4. Spieltag | 17.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Hibernians FC | 1:2 |  |
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| 5. Spieltag | 22.09.2016 | Gżira United | - | Pembroke Athleta FC | 3:0 | |
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| 6. Spieltag | 26.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Birkirkara FC | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 01.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 16.10.2016 | St. Andrews FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:1 | ||||
| 9. Spieltag | 23.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Sliema Wanderers | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2016 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 05.11.2016 | Mosta FC | - | Pembroke Athleta FC | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 20.11.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Floriana FC | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 27.11.2016 | Balzan FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:0 | ||||
| 14. Spieltag | 03.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Valletta FC | 0:3 | ||||
| 15. Spieltag | 10.12.2016 | Hibernians FC | - | Pembroke Athleta FC | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 18.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Gżira United | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 08.01.2017 | Birkirkara FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:0 |
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