| 18. Spieltag | 09.02.2025 | FC Basel 1893 II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:3 |  |
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| 19. Spieltag | 15.02.2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Paradiso | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 23.02.2025 | SR Delémont | - | FC Rapperswil-Jona | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 01.03.2025 | FC Rapperswil-Jona | - | Vevey-Sports | 3:0 | ||||
| 22. Spieltag | 08.03.2025 | FC Bulle | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 15.03.2025 | FC Rapperswil-Jona | - | BSC Young Boys II | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 19.04.2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Zürich II | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 26.04.2025 | SC Kriens | - | FC Rapperswil-Jona | 1:5 | ||||
| 31. Spieltag | 03.05.2025 | FC Luzern II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 |
Schweiz