| 13. Spieltag | 27.11.2016 | Balzan FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:0 |  |
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| 14. Spieltag | 03.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Valletta FC | 0:3 | |
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| 15. Spieltag | 10.12.2016 | Hibernians FC | - | Pembroke Athleta FC | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 18.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Gżira United | 0:0 |  |
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| 30. Spieltag | 15.04.2017 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 22.04.2017 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 05.05.2017 | Mosta FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:2 |
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