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| 03.04.1999 | 12:00 | Lokomotyvas Kaunas | - | FBK Kaunas | 1:2 | |
| 14:00 | FK Nevėžis | - | Inkaras Kaunas | 0:0 | ||
| 14:00 | Kauno Jegeriai | - | FK Atlantas | 1:3 | ||
| 14:00 | FK Kareda Siauliai | - | FK Dainava Alytus | 3:0 | ||
| 14:00 | FK Ekranas | - | FK Žalgiris B | 4:0 | ||
| 14:00 | FK Zalgiris | - | Banga Gargždai | 3:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Zalgiris | 13 | 11 | 2 | 0 | 45:5 | 40 | 37 |
| 2 |
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FBK Kaunas | 13 | 11 | 2 | 0 | 35:4 | 31 | 35 |
| 3 |
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FK Kareda Siauliai | 13 | 10 | 3 | 0 | 42:5 | 37 | 33 |
| 4 |
|
FK Ekranas | 13 | 7 | 2 | 4 | 28:11 | 17 | 22 |
| 5 |
|
FK Atlantas | 13 | 6 | 2 | 5 | 21:17 | 4 | 20 |
| 6 |
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Inkaras Kaunas | 13 | 5 | 3 | 5 | 16:13 | 3 | 18 |
| 7 |
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FK Nevėžis | 13 | 5 | 1 | 7 | 10:22 | -12 | 16 |
| 8 |
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Lokomotyvas Kaunas | 13 | 4 | 0 | 9 | 9:19 | -10 | 12 |
| 9 |
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Banga Gargždai | 13 | 3 | 3 | 7 | 8:19 | -11 | 12 |
| 10 |
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FK Žalgiris B | 13 | 4 | 0 | 9 | 10:31 | -21 | 12 |
| 11 |
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FK Dainava Alytus | 13 | 4 | 0 | 9 | 12:35 | -23 | 12 |
| 12 |
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Kauno Jegeriai | 13 | 3 | 2 | 8 | 8:27 | -19 | 11 |
| 13 |
|
Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
