| 3. Spieltag | 25.08.2024 | FK AP Brera Strumica | - | KF Shkëndija 79 | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 29.09.2024 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 4:0 | ||||
| 13. Spieltag | 03.11.2024 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 03.12.2024 | FK Voska Sport | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 23.02.2025 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 4:2 |  |
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| 21. Spieltag | 02.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | GFK Tikvesh | 1:0 |  |
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| 23. Spieltag | 09.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 31.03.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK AP Brera Strumica | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 07.05.2025 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 17.05.2025 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 1:3 |
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