| 7. Spieltag | 13.08.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Neftekhimik | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 17.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 21.08.2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Neftekhimik | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 28.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:4 | ||||
| 11. Spieltag | 03.09.2016 | Spartak Nalchik | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 12. Spieltag | 10.09.2016 | FK Neftekhimik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 02.10.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 15.10.2016 | FK Tosno | - | FK Neftekhimik | 4:2 |  |
|||
| 18. Spieltag | 22.10.2016 | FK Neftekhimik | - | FK Tyumen | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.11.2016 | SKA-Khabarovsk | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 13.11.2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 | |
|||
| 23. Spieltag | 19.11.2016 | FK Neftekhimik | - | Baltika Kaliningrad | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 26.11.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Neftekhimik | 2:1 |
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