| 1. Spieltag | 23.07.2016 | FC Milsami | - | FC Saxan | 2:0 |  |
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| 2. Spieltag | 31.07.2016 | FC Zimbru | - | FC Milsami | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 06.08.2016 | FC Milsami | - | Dacia Chişinău | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 20.08.2016 | FC Academia UTM | - | FC Milsami | 0:4 | ||||
| 7. Spieltag | 10.09.2016 | FC Sheriff | - | FC Milsami | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 25.09.2016 | FC Zaria | - | FC Milsami | 0:2 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2016 | FC Milsami | - | Dinamo-Auto | 4:1 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | FC Milsami | - | CF Ungheni | 4:0 | |
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| 13. Spieltag | 30.10.2016 | FC Milsami | - | FC Zimbru | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | Dacia Chişinău | - | FC Milsami | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 25.11.2016 | FC Milsami | - | FC Academia UTM | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2016 | Speranţa Nisporeni | - | FC Milsami | 0:2 | ||||
| 20. Spieltag | 24.02.2017 | FC Milsami | - | FC Zaria | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 01.03.2017 | Dinamo-Auto | - | FC Milsami | 0:4 | ||||
| 23. Spieltag | 11.03.2017 | FC Sheriff | - | FC Milsami | 5:0 | ||||
| 24. Spieltag | 16.03.2017 | FC Milsami | - | Dacia Chişinău | 0:0 |  |
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| 27. Spieltag | 09.04.2017 | CS Petrocub | - | FC Milsami | 3:1 |
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