| 1. Spieltag | 07.09.2016 | KF Skënderbeu | - | Flamurtari Vlorë | 2:1 |  |
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| 2. Spieltag | 11.09.2016 | Flamurtari Vlorë | - | Luftëtari Gjirokastër | 5:0 | ||||
| 4. Spieltag | 24.09.2016 | Flamurtari Vlorë | - | KF Teuta Durrës | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 02.10.2016 | KF Tiranë | - | Flamurtari Vlorë | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 12.10.2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 17.10.2016 | FK Partizani | - | Flamurtari Vlorë | 4:0 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2016 | KF Laçi | - | Flamurtari Vlorë | 1:1 |  |
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| 9. Spieltag | 30.10.2016 | Flamurtari Vlorë | - | KS Korabi Peshkopi | 4:1 | |
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| 10. Spieltag | 05.11.2016 | Flamurtari Vlorë | - | KF Skënderbeu | 2:0 | |
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| 12. Spieltag | 25.11.2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Vllaznia | 0:1 | ||||
| 31. Spieltag | 30.04.2017 | KF Teuta Durrës | - | Flamurtari Vlorë | 0:0 | ||||
| 35. Spieltag | 20.05.2017 | Flamurtari Vlorë | - | KF Laçi | 0:0 | ||||
| 36. Spieltag | 27.05.2017 | KS Korabi Peshkopi | - | Flamurtari Vlorë | 0:3 |
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