| 17. Spieltag | 19.02.2000 | NK Istra Pula | - | NK Varteks | 0:2 |  |
|||
| 18. Spieltag | 26.02.2000 | NK Varteks | - | NK Vukovar 91 | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 29.02.2000 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 1:0 |  |
|||
| 21. Spieltag | 07.03.2000 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 18.03.2000 | Croatia Zagreb | - | NK Varteks | 0:1 | |
|||
| 32. Spieltag | 09.05.2000 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2000 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 1:1 |
Albanien