| 4. Spieltag | 27.08.2016 | FK Pelister | - | FK Rabotnički | 3:0 |  |
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| 5. Spieltag | 11.09.2016 | FK Renova | - | FK Pelister | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 05.11.2016 | FK Rabotnički | - | FK Pelister | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 16.11.2016 | FK Pelister | - | FK Renova | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2016 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 0:0 | |
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| 18. Spieltag | 04.12.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 05.03.2017 | Makedonija GP | - | FK Pelister | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 12.03.2017 | FK Pelister | - | FK Rabotnički | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 18.03.2017 | FK Renova | - | FK Pelister | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 09.04.2017 | Vardar Skopje | - | FK Pelister | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2017 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 03.05.2017 | FK Rabotnički | - | FK Pelister | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 07.05.2017 | FK Pelister | - | FK Renova | 3:0 | |
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| 33. Spieltag | 13.05.2017 | FK Pelister | - | KF Shkupi | 1:0 | |
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| 34. Spieltag | 21.05.2017 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 3:3 | ||||
| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FK Pelister | - | Vardar Skopje | 2:3 | |
Nordmazedonien