| 12. Spieltag | 30.10.2016 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 05.11.2016 | FK Rabotnički | - | FK Pelister | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 16.11.2016 | FK Pelister | - | FK Renova | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 20.11.2016 | FK Pelister | - | KF Shkupi | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2016 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 04.12.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 25.02.2017 | FK Pelister | - | FK Bregalnica Štip | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 3:3 |  |
|||
| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FK Pelister | - | Vardar Skopje | 2:3 | ||||
| 36. Spieltag | 31.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 |
Nordmazedonien