| 1. Spieltag | 07.08.2016 | FK Pobeda Junior | - | FK Pelister | 0:2 | ||||
| 2. Spieltag | 14.08.2016 | FK Pelister | - | FK Bregalnica Štip | 3:0 |  |
|||
| 25. Spieltag | 05.04.2017 | FK Pelister | - | Sileks Kratovo | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 09.04.2017 | Vardar Skopje | - | FK Pelister | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 23.04.2017 | FK Pelister | - | FK Pobeda Junior | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 26.04.2017 | FK Bregalnica Štip | - | FK Pelister | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2017 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 03.05.2017 | FK Rabotnički | - | FK Pelister | 1:1 | |
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| 32. Spieltag | 07.05.2017 | FK Pelister | - | FK Renova | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | FK Pelister | - | KF Shkupi | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 3:3 | ||||
| 36. Spieltag | 31.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 |
Nordmazedonien