| 1. Spieltag | 27.07.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Šibenik | 2:3 | ||||
| 4. Spieltag | 17.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Croatia Sesvete | 3:2 | ||||
| 5. Spieltag | 24.08.2008 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 4:3 | ||||
| 6. Spieltag | 31.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 3:1 | ||||
| 7. Spieltag | 14.09.2008 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 21.09.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zagreb | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 28.09.2008 | Hajduk Split | - | NK Inter Zaprešić | 3:3 | ||||
| 10. Spieltag | 05.10.2008 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 22.02.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 01.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:4 | ||||
| 21. Spieltag | 08.03.2009 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 15.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 05.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 1:0 |  |
Kroatien