| 19. Spieltag | 19.02.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 26.02.2017 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 |  |
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| 21. Spieltag | 05.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 12.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 18.03.2017 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 |  |
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| 26. Spieltag | 09.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 15.04.2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | |
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| 28. Spieltag | 23.04.2017 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 26.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2017 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 03.05.2017 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 14.05.2017 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | |
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| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 4:4 |
Kroatien