| 27. Spieltag | 14.01.2017 | Northampton Town | - | Scunthorpe United | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 28.01.2017 | Scunthorpe United | - | Port Vale FC | 3:2 |  |
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| 30. Spieltag | 04.02.2017 | Southend United | - | Scunthorpe United | 3:1 |  |
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| 31. Spieltag | 11.02.2017 | Scunthorpe United | - | Shrewsbury Town | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 14.02.2017 | Scunthorpe United | - | Walsall FC | 0:0 | ||||
| 36. Spieltag | 04.03.2017 | Scunthorpe United | - | Fleetwood Town | 0:2 | ||||
| 37. Spieltag | 11.03.2017 | Gillingham FC | - | Scunthorpe United | 3:2 | |
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| 38. Spieltag | 14.03.2017 | Scunthorpe United | - | Rochdale AFC | 2:1 | ||||
| 39. Spieltag | 18.03.2017 | Oxford United | - | Scunthorpe United | 2:1 | ||||
| 40. Spieltag | 26.03.2017 | Scunthorpe United | - | Bradford City | 3:2 | |
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| 41. Spieltag | 01.04.2017 | Millwall FC | - | Scunthorpe United | 3:1 | ||||
| 42. Spieltag | 08.04.2017 | Scunthorpe United | - | Bolton Wanderers | 1:0 | ||||
| 43. Spieltag | 14.04.2017 | Milton Keynes Dons | - | Scunthorpe United | 0:1 | |
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| 44. Spieltag | 17.04.2017 | Scunthorpe United | - | Chesterfield FC | 3:1 | |
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| 45. Spieltag | 22.04.2017 | Swindon Town | - | Scunthorpe United | 1:2 | |
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