| 1. Spieltag | 30.08.2008 | Panthrakikos | - | Ergotelis | 1:2 | ||||
| 2. Spieltag | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 05.10.2008 | Panthrakikos | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 02.11.2008 | Panthrakikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 09.11.2008 | Asteras Tripolis | - | Panthrakikos | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 16.11.2008 | Panthrakikos | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2009 | OFI Heraklion | - | Panthrakikos | 4:3 | ||||
| 29. Spieltag | 12.04.2009 | Panthrakikos | - | Levadiakos | 1:3 | ||||
| 30. Spieltag | 26.04.2009 | Aris Saloniki | - | Panthrakikos | 3:2 |
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