| 18. Spieltag | 09.03.2025 | FC Zlín B | - | FC Zlínsko | 0:2 |  |
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| 20. Spieltag | 22.03.2025 | FK Blansko | - | FC Zlínsko | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 28.03.2025 | FC Zlínsko | - | ČSK Uherský Brod | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 02.04.2025 | FC Zlínsko | - | FC Zbrojovka Brno B | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 11.04.2025 | SK Uničov | - | FC Zlínsko | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.04.2025 | FC Zlínsko | - | FC Strání | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 26.04.2025 | Hanácká Slávia Kroměříž | - | FC Zlínsko | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 30.04.2025 | FC Hlučín | - | FC Zlínsko | 2:2 | ||||
| 22. Spieltag | 13.05.2025 | 1. SC Znojmo | - | FC Zlínsko | 1:3 | ||||
| 28. Spieltag | 16.05.2025 | FC Zlínsko | - | FK Hodonín | 1:4 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2025 | FC Zlínsko | - | MFK Karviná B | 0:3 | ||||
| 29. Spieltag | 25.05.2025 | 1. FC Slovácko B | - | FC Zlínsko | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.05.2025 | FC Zlínsko | - | FK Frýdek-Místek | 5:4 | ||||
| 32. Spieltag | 03.06.2025 | FC Zlínsko | - | TJ Start Brno | 1:3 | ||||
| 31. Spieltag | 06.06.2025 | FC Slovan Rosice | - | FC Zlínsko | 2:1 |
Tschechien