| 10. Spieltag | 03.04.2016 | Independiente del Valle | - | Mushuc Runa | 2:1 |  |
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| 11. Spieltag | 09.04.2016 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 0:2 | ||||
| 14. Spieltag | 08.05.2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 15.05.2016 | Mushuc Runa | - | LDU Quito | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 21.05.2016 | Barcelona | - | Mushuc Runa | 3:1 | ||||
| 17. Spieltag | 26.06.2016 | Mushuc Runa | - | Delfín SC | 5:1 | ||||
| 13. Spieltag | 29.06.2016 | Mushuc Runa | - | Independiente del Valle | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 03.07.2016 | Mushuc Runa | - | Aucas | 1:4 | ||||
| 19. Spieltag | 09.07.2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 1:1 | |
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| 20. Spieltag | 13.07.2016 | Mushuc Runa | - | Fuerza Amarilla | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 18.07.2016 | Emelec | - | Mushuc Runa | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 24.07.2016 | Mushuc Runa | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 0:1 |
Ecuador